对比InnoDB与MyISAM
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MyISAM在存储结构上：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。这三个文件分别是表定义文件，表定义文件的名字是以表的名子开始的，用扩展名指出文件类型。数据文件，这个文件用于存储数据，并且用frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。索引文件，这部分文件的拓展名是.MYI (MYIndex)。
InnoDB在存储结构上：InnoDB内部全部的表都保存在同一个数据文件中，InnoDB表的大小等于操作系统文件的大小，一般情况下为2GB。
存储空间上MyISAM： MyISAM支持支持三种不同的存储格式：静态表，这个表是默认存在的，但是需要注意的是数据末尾不能有空格，否则会被强制删除掉，动态表、压缩表。当表在创建并且导入数据之后，便不会再进行任何的修改操作，可以使用压缩表的方式，来极大的减少对磁盘的空间占用率。
InnoDB在存储空间上的表现：首先InnoDB需要占用更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。MyISAM和InnoDB都拥有可移植性、备份及恢复功能。但是相对来说MyISAM：数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作。InnoDB：免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，在数据量达到几十G的时候就相对痛苦了。
InnoDB是聚集索引，使用B+Tree作为索引结构，数据文件是和（主键）索引绑在一起的（表数据文件本身就是按B+Tree组织的一个索引结构），InnoDB的聚集索引必须要有主键，因为通过主键索引效率会更高。而使用辅助索引需要两次查询，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。
MyISAM是非聚集索引，也是使用B+Tree作为索引结构，索引和数据文件是分离的，索引用来保存数据文件的指针。并且主键索引和辅助索引是相互独立的，互不相同，用法也不一样。
事务支持上MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性,其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持。InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。 具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。
表主键MyISAM：允许没有任何索引和主键的表存在，索引都是保存行的地址。InnoDB：如果没有设定主键或者非空唯一索引，就会自动生成一个6字节的主键(用户不可见)，数据只是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。
